A legtöbb olvasóeszköz az EPUB 2.0.1. verzióját támogatja, ezért az InDesign fejlesztői is ezt a formátumot tekintették elsődlegesnek a CS6 verzió fejlesztése során. Az exportálási beállításokat úgy alakították át, hogy áttekinthetőbb, jobban beállítható és hatékonyabb legyen (lásd az ábrát). Az új és továbbfejlesztett beállítási lehetőségek:
- Megadható a keretet akár balra, akár jobbra lebegtető beállítás. Ezek a paraméterek az „Objektum exportálási beállításai” alatt adhatók meg.
- A rendszer további szövegközi és rögzített szövegkeret-jellemzőket fordít le CSS formátumra: méret, keretstílus és -szélesség, kitöltés színe, térkitöltés (szövegkeret belső margója) és margó (szöveg-körbefolyatáskor)
- Az EPUB formátumban minden margó külön értékkel adható meg.
- Hivatkozás történhet több egyéni CSS fájlra.
- Az EPUB több kisebb fájllá bontható a bekezdésstílusokban megadott exportcímkékkel.
- Külső eBook borítófájlra hivatkozáskor a rendszer új XHTML dokumentumot hoz létre.
- Az exportált EPUB támogatja az InDesign táblázatcella-stílusainak CSS formátumúra alakítását.
- Az EPUB táblázat-meghatározásai jellemzőként tartalmazzák a hasábszélességet és a minimális sormagasságot.
- A rendszer már exportálja EPUB formátumba az InDesign egyéni felsorolás- és számozásjelző karaktersorait.
- A japán ruby támogatása betűtípus, méret és szín tekintetében.